Tenho notado que algumas aplicações tais como google chrome e outras que se instalam no diretório /opt muitas vezes seus ícones some dos menus.
Este problema aconteceu com meu amigo João. Para resolver tal problema eu fiz assim:
cd /usr/share/applications/
find /opt/ -iname *.desktop -exec ln -sf {} ./ \;
Espero que seja útil para muita gente.